Manacor liegt im Osten der Insel Mallorca. Die Gemeinde hat eine Oberfläche von 260,22 km². Im Süden grenzt sie an die Gemeinde Felanitx, im Westen an Vilafranca de Bonany, im Nordwesten an Petra und im Nordosten an Sant Llorenç des Cardassar. Die Küste im Osten ist 27 km lang.

Das Relief ist ziehmlich flach und hat eine Durchschnittshöhe von 125 m. Man unterscheidet drei Zonen:

- Pla, die Ebene, auf der die Stadt liegt. Dieses Gebiet wird nur von dem Tal Vall de la Nou unterbrochen. Auf dem vorwiegend dunkelgrau-roten Kalkboden wechseln sich traditionsgemäß Getreide-, Gemüse- und Weinanbau ab.

- Das Gebiet der Serra de Llevant mit seinem sanftem Relief hat einen im Allgemeinen wenig erschlossenen Boden und ist durch den hohen Anteil an kalkhaltigem Material gekennzeichnet. Er wird im Südwesten durch das Calicant-Massiv, der Hügelkette von Llodrà, dem steilen Fangar-Hügel und der Hochebene dazwischen gebildet.

- Die Marina besteht aus weißem Sandstein und bildet einen 4 km langen Sockel, der in Richtung Meer abfällt. Der Kalkstein begünstigte die Bildung verschiedener karstiger Erosionsformen, die durch atmosphärische Faktoren beeinflusst wurden und zahlreiche Höhlen, Abgründe, Schluchten und Abbrüche bilden.

In der Gemeinde gibt es zahlreiche Tropfsteinhöhlen, unter denen besonders die del Drach, dels Hams und die Höhlengruppe des Pirata hervorragen.

Eine Vielzahl an Buchten verschönern die Küste Manacors: Cala Moreia, Cala Morlanda, Cala Petita, Porto Cristo, Cala Anguila, Cala Mendia, s’Estany d’en Mas, Cala Falcó, Cala Varques, Cala Sequer, Cala Magraner, Cala Virgili, Cala Bota, Cala Antena, Cala Domingos und Cala Murada.

Wildbäche bilden die hydrologische Grundlage der Gemeinde. Der Wildbach Na Borges hat ein hydrographisches Becken von 338 km². Ihm fließen die Bäche Son Caules, Conies und Son Cifre zu und er mündet schließlich in der Bucht von Alcúdia ins Meer. Weitere Wildbäche entstehen in den Hügeln im Landesinneren, durchqueren die Marina und fließen ins Meer.

Das typisch mittelländische Klima ist gemäßigt und die Temperaturen jahreszeitlich bedingt. Die bergigen Gebiete und das Landesinnere sind trocken, während der Küstenstreifen semiarid ist.Die Jahresdurchschnittstemperaturen liegen zwischen 16º und 17º C.

Die Vegetation besteht aus den typischen Pflanzen Mallorcas. Etwas über 20 % der Fläche sind mit Wald bedeckt. In den Bergen wachsen hauptsächlich Pinienwälder, wogegen es fast keine Steineichenwälder gibt. Die mittelländischen Buschformen wie Oleaster und Zwergpalme breiten sich an der Küsten aus, wo Arten wie Zistrosen, Lentisken, Bartgras, Rosmarin und Erika zu finden sind. An der Küste wachsen unter anderem Strandfenchel und Astragalus balearicus, während die Disteln beinahe von den Stränden verschwunden sind. In den Feuchtgebieten gedeihen Tamariske und Schilfrohr.

Der Ackerbau beansprucht 74 % der Oberfläche. In der Landwirtschaft bestimmen Mandelbäume, Getreide und  Feigenbäume das Bild, in geringerem Maße auch Johannisbrotbäume und Weinberge. Der Obst- und Gemüseanbau konzentriert sich auf Zuckermelone, Tomate, Paprika und Kopfsalat.