Los primeros indicios de presencia humana en los territorios que hoy en día ocupa el término municipal de Manacor se remontan a la época pretalayótica (2000-1200 a.C.), aunque la llegada del hombre a Mallorca se sitúa en el quinto milenio a.C., aproximadamente. De este período destacan las cuevas artificiales como lugar de enterramiento (cova de s’Homonet en Son Ribot, Mitjà de ses Beies en Sa Sínia Nova, etc.), y las navetes, construcciones aisladas o agrupadas en poblados, utilizadas como habitáculos (sa Marineta, s’Hospitalet Vell, etc.)

Sobre el año 1400 a.C., ya sea por evolución interna de la sociedad pretalayótica o por la llegada de nuevas poblaciones originarias del Mediterráneo Oriental, se produjo un cambio estructural en la prehistoria mallorquina y nació la cultura talayótica, caracterizada por su arquitectura. En este periodo surgen los talayots, grandes torres construidas a base de enormes piedras, de los cuales hay grandes vestigios por todo el término. Los poblados talayóticos más destacado son los de s´Hospitalet Vell, es Boc i Bellver, así como las construcciones de Bendrís, Son Sureda y Sa Gruta, entre otras.

La presencia griega en el Mediterráneo Occidental y la fundación de Ebusus en el año 654 a.C. como colonia Púnica trajeron consigo grandes cambios para la población talayótica, a partir de entonces inmersa en el llamado “mundo de las colonizaciones”. Los contactos con las culturas clásicas introdujeron nuevas formas de vida así como creencias.

En el año 123 a.C., Quintus Caecilius Metellus conquistó Mallorca, empezando un irreversible proceso de romanización. Son numerosos los objetos romanos encontrados en el fondo marino de Porto Cristo, aunque la mayor abundancia de datos correspondientes al Bajo Imperio se encuentra en Manacor. Las basílicas de sa Carrotja y de Son Peretó evidencian la existencia de comunidades cristianas bien consolidadas.

Durante los siglos VIII y IX, las principales potencias mediterráneas, Bizancio, el Islam y el reino Carolingio, parecen haberse olvidado de las Islas Baleares, efectuándose sólo alguna que otra incursión islámica contra las islas, las cuales terminan en el año 902 con la rendición catalana al Emirato de Córdoba.

Las diferentes etapas islámicas se prolongaron hasta el 1229, año de la conquista catalana de Mallorca. El mundo islámico en Manacor se plasma en las comunidades campesinas de entonces, dispersas en alquerías y rafals. De esta época se han encontrado solamente fragmentos de cerámica, y también se conservan algunos topónimos que podrían tener un origen árabe o bereber.

El origen de la ciudad de Manacor se remonta a épocas anteriores a la dominación islámica, como lo demuestran los restos encontrados en los alrededores de la iglesia parroquial actual.

Ya en el año 1300, Jaume II concedió el estatuto de villa a Manacor, que contaba en esos momentos con una población de cierta relevancia y con una parroquia datada en el año 1236, cuya existencia queda probada en los distintos documentos encontrados. De los inicios urbanísticos se han conservado la Torre del Palau y la fortificación de algunas casas rurales como la Torre de ses Puntes y la Torre dels Enagistes. De la época medieval hay que considerar el papel relevante de Manacor en los conflictos sociales con el protagonismo de un personaje destacado, Simó Tort.

En cuanto a la evolución urbana y social, los hechos más notables fueron la fundación del convento de Sant Vicenç Ferrer por la Orden de los Predicadores en el año 1576, iniciándose, al mismo tiempo, la construcción de la iglesia barroca y el nacimiento de la barriada de Fartàritx, donde se concentran los molinos de viento que marcan la fisionomía de esta zona de la ciudad. A principios del siglo siguiente, la mencionada orden comenzó el claustro. Con la desamortización del año 1835, los bienes de la orden pasaron a manos del estado, destinándose las dependencias del claustro a servicios municipales y a juzgado.

Hasta el siglo XIX la economía de Manacor se basaba en la agricultura, cultivos de cereales, viña y ganado ovino, aunque también los sectores del textil, de la alimentación y de la alfarería tenían cierta importancia.
El siglo XIX marcó el inicio de la transformación que convirtió a Manacor en lo que es hoy. Aumentan las actividades industriales dedicadas a la elaboración de productos agrícolas, apareciendo los molinos de viento y una fábrica de aguardiente. Desde la segunda mitad del siglo, la fabricación de muebles fue una de las bases de la economía, continuando también las alfarerías y la elaboración de licores y vinos.

En 1879 se inauguró la línea de ferrocarril Inca - Manacor y en 1902 se fundó la primera fábrica de perlas artificiales, convirtiéndose con ello en el centro comercial e industrial del levante mallorquín. Desde 1912, Manacor posee el título de ciudad.

El desarrollo de la actividad económica modificó no sólo las costumbres de la ciudad, sino también originó un fuerte impacto urbanístico, iniciado a finales del siglo pasado con la construcción de la nueva iglesia parroquial Nostra Senyora dels Dolors, ubicada sobre los cimientos de las iglesias anteriores, de las cuales la más antigua está documentada en el año 1232 y posiblemente erigida sobre una mezquita árabe (hallazgo de una inscripción funeraria expuesta en el Museo Diocesano de Palma). El campanario, su elemento más emblemático, se encuentra hoy en obras. También se edificaron algunos de los caserones de las calles Nou, Major, Pius XII, Bosch, etc. Al mismo tiempo, se expandieron y consolidaron las barriadas históricas de Fartàritx y es Barracar y se crearon nuevas urbanizaciones alrededor de la estación del ferrocarril y de na Camel·la. En los años 60 se le suma el turismo con la consiguiente construcción de hoteles y de urbanizaciones. En la actualidad, el crecimiento urbanístico más destacado se concentra en las nuevas áreas de los centros escolares y en los ensanches de los paseos del Port, de Fartàritx y del Ferrocarril.